Согласно церковному преданию, проповедь Православия среди горских народов — алан, абазгов и зикхов — вели в I в. апостолы Андрей Первозванный и Симон Кананит. К VI в. в Зихии находились четыре епархии с резиденциями в Фанагории (близ ст. Сенной), Метрахе (полуостров Тамань), Зихоплисе и Никопсисе (у р. Шакупси). В IX-XII вв. крупным христианским центром на Северном Кавказе стал г. Таматарху (Тмутаракань). С падением Константинополя (1453 г.) прекратилась миссия Византии на Кавказе.

Следующий этап христианской проповеди начался после переселения казаков на Кубань. В 1829 г. была образована Донская епархия. 4 апреля 1842 г. учреждена Кавказская и Черноморская епархия, разделенная в 1885 г. на Ставропольскую, Владикавказскую и Сухумскую.

28 марта 1991 г., после создания Республики Адыгея, было учреждено Майкопское благочиние. 26 февраля 1994 г. Священный Синод образовал Майкопско-Армавирскую епархию с центром в г. Майкопе. В состав новообразованной епархии вошли Республика Адыгея и 13 районов Краснодарского края (всего 72 прихода).

28 декабря 2000 г. епархия была преобразована в Майкопскую. В настоящее время в епархию входят приходы на территории Республики Адыгея: Городского округа Майкоп, Городского округа Адыгейск, Гиагинского муниципального района, Кошехабльского муниципального района, Красногвардейского муниципального района, Майкопского муниципального района, Тахтамукайского муниципального района, Теучежского муниципального района, Шовгеновского муниципального района.